Účastnil se činnosti v Královské společnosti nauk, přispíval do zahraničních vědeckých časopisů. Zabýval se zkoumáním historických pramenů českého středověku. Studoval staroslovenštinu. Psal německy a latinsky, nikoli česky. Na budoucnost češtiny hleděl pesimisticky, nevěřil, že čeština získá ztracené pozice jako jazyk vědy a literatury, přesto ale vykonal ve prospěch českého jazyka nesmírně mnoho. velice brzy se stal uznávaným vědcem a ne nadarmo byl nazýván Otcem slavistiky. Má velký vliv na mladou generaci osvícenců. Mezi jeho žáky patří například spisovatel a jazykovědec Václav Hanka či jeho nejnadanější žák František Palacký. Právě on šel dlouho ve stopách Dobrovského, ale jakmile přijde spor o Rukopis zelenohorský, jde všechna vděčnost a respekt stranou.
Dobrovský o pravosti Rukopisu královédvorského nepochybuje, ale Rukopis zelenohorský považuje již od počátku za padělek. V roce 1824 vystoupil s oznámením, že rukopis je falzum a autorem je Václav Hanka! Proč?? Prý jsou v rukopise stejné gramatické chyby, jakých se dopouštěl Hanka jako žák. Nikdo mu nevěří, všichni jsou na rukopisy pyšní a Dobrovský zůstává osamocen. Dokonce i jeho žák František Palacký se staví proti němu. Často slýchá urážky jako "Nevlastenec" či "slavisující Němec".
Co se týká jeho soukromého života, tak Josef Dobrovský byl svérázný člověk, který si potrpěl na své zdraví. Nejraději pil čistou vodu, kterou považoval za lék. Vlastnoručně si pral prádlo a před spaním měl pravidelný rituál. Přešlapoval ve vodou rozředěné hlíně a potom vypil sklenici podmáslí. Byl poctivý člověk a dobře znal lidské chyby. Rád dával peníze žebrákům, ale nechával je losovat. Vzal dvě kostky a kolik padlo, tolik dostal chudák krejcarů.
Vystupoval proti puristům (jazykovědcům) a stal se „nemoderním“.
Za vrcholné období české literatury pokládá dobu veleslavínskou a naopak nejméně oceňuje baroko.
Jeho prvním velkým dílem byly německy psané Dějiny českého jazyka a literatury (1792), kde popsal historický vývoj jazyka a literatury.
Často byl zesměšňován i pro svou duševní chorobu. Umírá 6.ledna 1829.
Jeho stěžejním dílem je německy psaná Zevrubná mluvnice jazyka českého (1808), která položila základy pro novodobou spisovnou češtinu. Ačkoli v češtinu nevkládal naděje, snažil se, aby měla ustálenou podobu a normu.Díle je považováno za 1.vědeckou mluvnici.
Významným jazykovědným dílem je i Německo-český slovník a Základy jazyka staroslověnského.
Dobrovský byl přísný a kritický, jak ve svých dílech, tak ve svých polemikách. Vždy mu šlo o pravdivost poznání. Všechny své soudy, chtěl mít podloženy důkazy, fakty. To mu bylo vytýkáno. Jako jeden z prvních vyjádřil pochybnosti o pravosti Rukopisu Zelenohorského.
Zdroje: History revue, Literatura pro I.ročník, Odmaturuj z literatury 1, Přehled dějin literatury, Epocha